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    秦朝对於官吏的管理是很严格的。制定了很多处罚官吏的法令。官吏犯法，不是像西周那样享有特权，即「刑不上大夫」，而是加重处罚。

    秦始皇的严酷法律引起了士人的不满。各种指责纷纷而来，不同於秦始皇法家的种种学说不绝於耳。由於当时社会上百家争鸣，严重的阻碍了秦始皇对征服的原六国民众思想的统一。

    丞相李斯认为这威胁到了秦朝的统治，主张严厉镇压这些士人。秦始皇支持李斯的看法，并发动了焚书坑儒事件：

    所谓「焚书」。就是秦始皇为了统一原六国人民的思想和巩固秦朝的统治，开始销毁除之外的其他六国的史书，保留关於农业、技术、卜筮和医药的书籍。

    除了博士官所职，天下敢私藏诗、书、百家语的人，都命令守、尉将其藏书烧掉。有敢偶语者弃市，以古非今者族。如果官吏知情隐瞒不报，也和藏书的人同等治罪。这一政策从前213年一直执行到前206年秦朝灭亡。

    但某些人认为，秦始皇曾下令将一些**保存於皇家图书馆，直到西楚霸王项羽攻破咸阳后纵火，这些书籍才彻底消失。

    始皇三十五年（前212年），徐福入海求仙，费以巨万计，终不得药。始皇心里已感到受骗，於是命令御史案问诸生，互相揭发牵连四百六十余人，始皇下令把他们都在咸阳活埋。这就是着名的「坑儒」。

    某些人认为秦始皇坑杀的乃是「术士」，并不是儒生，但根据记载秦始皇坑杀的人「皆诵法孔子」。

    而且中也说秦始皇坑杀诸生之后，六艺从此缺失。

    据记载，公元前211年（秦始皇三十六年）的一年之内，连续发生三件怪事。

    首先是当年出现「荧惑守心」的天文现象，古人把「火星」称作「荧惑」，二十八宿中的「心宿」简称为「心」，「心宿」就是现代天文学的「天蝎座」，而荧惑守心的出现则被称为大凶之兆，轻者天子要失位，严重的情况就是皇帝驾崩。
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